Voor elk geselecteerd project wordt een ministerieel besluit opgesteld met onder meer de vermelding van het maximale subsidiebedrag en de subsidievoorwaarden.

De eerste schijf (30%) kan worden uitbetaald na goedkeuring als voorschot.

De tweede schijf (30%) wordt uitbetaald na voorleggen van een inhoudelijk voortgangsrapport en het bewijs dat 50% van de aanvaardbare kosten gemaakt werden.

De derde schijf (saldo) wordt uitbetaald na afloop van het project en mits het bewijzen van de gemaakte aanvaardbare kosten en het voorleggen van een eindrapport.

Bij kortlopende projecten kan de tweede en derde schijf ook samen worden aangevraagd waarna de uitbetaling kan volgen.

Indien zich ingrijpende wijzigingen voordoen bij de uitvoering van het project (financieel of inhoudelijk) zoals beschreven in de subsidieaanvraag moet het Agentschap Innoveren & Ondernemen schriftelijk toestemming verlenen voor een gewijzigd tijdspad of gewijzigde projectinhoud.