Projectvoorstellen worden ingediend op basis van projectoproepen, bekend gemaakt via de website en de nieuwsbrief van Agentschap Innoveren & Ondernemen. Daarnaast voorzien de provinciale en grootstedelijke contactpunten eveneens een aantal gerichte communicatieacties.

Een projectpromotor dient, binnen een vastgestelde termijn (meestal 2 tot 3 maanden), een projectvoorstel in via het EFRO E-loket. Toegang krijgen tot het E-loket vereist aanmelding via eID en aangesloten of draadloze kaartlezer, beveiligingscode via mobile app of sms, Vlaams token of federaal token.

Voor begeleiding bij de indiening kan de projectpromotor beroep doen op het programmasecretariaat en de provinciale en stedelijke contactpunten.