Het centraal programmasecretariaat voert een eerste screening uit van de projectvoorstellen, op basis van een aantal ontvankelijkheids- en selectiecriteria.

Deze beoordeling vormt de basis voor een verdere inhoudelijke beoordeling door een Technische Werkgroep.

De Technische Werkgroep is samengesteld uit experten geselecteerd uit diverse diensten binnen de Vlaamse overheid (eventueel aangevuld met externe deskundigen). De Technische Werkgroep formuleert adviezen en geeft opmerkingen op de projectvoorstellen.

De finale goedkeuring van de projectvoorstellen gebeurt door de Managementautoriteit (Entiteit EFRO van Agentschap Innoveren & Ondernemen)